Proses pengauditan yang dijalankan oleh UAD adalah berdasarkan peraturan perakaunan dan kewangan MATRADE, arahan Perbendaharaan, Pekeliling Perbendaharaan dan lain-lain pekeliling berkuatkuasa. Aspek dan skop pengauditan adalah berdasarkan apa yang terkandung di dalam peraturan-peraturan dan pekeliling yang berkuatkuasa . Manakala Unit Integriti menjalankan naziran berdasarkan penekanan skop tadbir urus, integriti dan antirasuah.